Ime maraton potiče iz legende o grčkom heroju Filipidesu koji je trčao od polja Marathona do Atine da bi objavio pobjedu grčke vojske nad Persijancima u bitci na Marathonu.
Prema toj, istoijski nepotvrđenoj priči, Filipides je neposredno pošto je stigao u Atinu od napora preminuo. Nema dokaza da se ovaj događaj zaista i odigrao - na primjer istoričar Herodot piše da je Filipides trčao iz Atine do Sparte. Verzija u kojoj je trčao od Marathona javlja se u Plutarhovom djelu "Na atinskoj slavi" iz 1. vijeka. Ne zna se tačno kojim je putem Filipides trčao od polja Marathon do Atine, jer su postojale dvije staze: jedna brdovita ali kraća u dužini od oko 34,5 km i druga ravnija ali dugačka oko 40.8 km. Pretpostavlja se da je Filipides trčao kraćom stazom jer su na dužoj još uvijek boravile određene jedinice persijske vojske.
Kada smo već kod dužine, zanimljivo je istaći i podatak vezan za distancu maratonske trke (42km i 195m) - prvi put je istrčana na Olimpijskim Igrama u Londonu 1908 godine. Do tada je dužina staze iznosila tačno 42 km, a tih 195 m dodato je kako bi start bio ispred kraljevskog dvorca u Windsoru jer se dan ranije tadašnji engleski kralj Edvard VII, koji je trebao da da znak za start, razbolio, pa su mu doktori savjetovali da ne izlazi van dvorca. Dao je znak za start sa svog balkona, a staza nije skraćena za taj neočekivani dodatak jer je predviđeno da cilj bude tačno ispred kraljevske lože na Olimpijskom stadionu (White City Stadium), kako bi kraljica Alexandra sa ostatkom svoje porodice mogla pratiti ulazak maratonaca u cilj.
Na prvih sedam olimpijskih maratona trčalo se čak šest različitih dužina, od 40 do 42.7 km.. Tek od 1921. godine Međunarodna atletska federacija prihvatila je razdaljinu od 42,195 kao standardnu udaljenost, što je navedeno u IAAF-ovom pravilniku o takmičenju (rule 240).
Ideju o organizaciji maratonske trke plasirao je Michel Breal, koji je predložio da se trka stavi u program I. Olimpijskih igara u Atini 1896 godine. Ideju su podržali i Pierre de Coubertin, otac modernih Igara, kao i sami organizatori igara, Grci.
Prvi maraton u istoriji ipak nije bio onaj na samim Igrama. Grci su naime, ranije organizovali izborno takmičenje za nastup na Olimpijadi. Na tom prvom maratonu pobijedio je Charilaos Vasilakos u vremenu 3 sata i 18 minuta. Spiridon ,,Spiros” Louis u toj utrci bio je peti, ali je kasnije pobijedio na prvom Olimpijskom maratonu u vremenu 2 sata, 58 minuta i 50 sekundi. Ženski maraton je uveden u program igara dosta kasnije, tek na Igrama u Los Angelesu 1984 godine. Prva olimpijska pobjednica u maratonu bila je Joan Benoit sa vremenom 2:24:52. Benoit još uvijek trči, sada u kategoriji Ž50, uglavnom ispod 3 sata!
Maratonska trka od početaka je smatrana disciplinom namijenjenom samo najspremnijim atletičarima. Međutim, razvojem teorije treninga ali i sve većom popularnošću rekreativnog trčanja, pokazalo se da uz pravilnu pripremu, istrčati maraton i nije preveliki izazov. Većina atletskih trenera danas smatra da nema razloga da bilo koja osoba, uz pretpostavku da je zdrava te uloži u trening veliku dozu upornosti i rada, može relativno dobro i bez straha od posljedica (premorenosti, povreda) odraditi tu trku.
Klasičan program treninga za maratonsku trku traje od četiri do šest mjeseci. Tokom ovog perioda atletičar barem pet puta sedmično trči na dionicama od pet do 20 km po treningu, u zavisnosti od nivoa takmičenja na kojem će učestvovati i ciljanom rezultatu. Najbolji atletičari se polako bliže magičnoj granici od dva sata za trku, dok se za prosječnog rekreativca svako vrijeme ispod 4 sata smatra solidnim. Na većini maratona je postavljena granica od šest sati nakon koje se staza zatvara, a atletičari pristigli iza tog vremena ne ulaze u službeni redosled.
Maratonske trke danas se održavaju u velikom broju na svim kontinentima. Na poznatijim maratonima, u Bostonu, New Yorku, Londonu, Berlinu i Chicagu, nije rijetkost da nastupi po nekoliko desetina hiljada takmičara. Rekord u masovnosti za sada drži 100. Bostonski maraton iz 1996. godine – startovalo je 38.965 maratonaca od kojih je 35.868 završilo trku. Tada je organizator, radi proslave stogodišnjice održavanja ove trke, ukinuo čuvenu ,,bostonsku normu”.
Svaka staza na kojoj se održava maraton specifična je po svojoj konfiguraciji, pa je ostvarene rezultate na različitim stazama ponekad nemoguće porediti. Iz tog razloga se duže vrijeme u maratonskim trkama vodilo samo 'najbolje svjetsko vrijeme' ali ne i rekordi, koji se vode tek od 1. Januara 2004. godine - tog dana su dotadašnja najbolja vremena i službeno proglašena svjetskim rekordima. Kod muškaraca rekord iznosi 2:04:55, a postavio ga je na trci u Berlinu Paul Tergat iz Kenije 28. Septembra 2003. godine a zanimljivo je da drugi rezultat svih vremena ima pejsmejker iz te trke, Sammy Korir, koji je došao na cilj samo sekundu poslije pobjednika Tergata.
Kod žena se vode dva rekorda: jedan postavljen u trci sa muškarcima kada je ritam, zbog konkurencije, prirodno bio brži, te rekord u trci u kojoj učestvuju samo žene i oba drži ista atletičarka - Paula Radcliffe. Prvi rekord, u trci mješovitog sastava, ostvaren je na maratonu u Londonu 13. Aprila 2003. godine, i iznosi 2:15:25. Drugi rekord, u trci isključivo ženskog sastava, iznosi 2:17:42, i istrčan je 17. Aprila 2005. godine, na istom mjestu – u Londonu, gdje je i postavljena konačna dionica maratona.
